Cómo ves en la imagen, le cambiamos la extensión .exe a txt, te tendría que quedar con el nombre putty.exe. Luego de ello creamos un acceso directo y lo colocamos en la misma carpeta. En el acceso directo, seleccionamos clic derecho y en la parte de destino le colocamos este código:

%comspec% /c start putty.txt

Obvio que le tenemos que cambiar el nombre de putty por el nombre del archivo que usaste, mira la imagen para que no te pierdas:

Al final sólo le das aceptar, y listo, ya acabaste, ahora dale clic al acceso directo y verás que se te ejecurá el archivo ejecutable que cambiamos a extensión .txt. El truco es que con esto llamas a MS-DOS, para que ejecute el archivo.exe que vulneramos a .txt y pues, CMD no ejecuta por extensiones, así que lo ejecutará como si fuese un .exe